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(原创)atlas+hpl测试之安装

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发表于 2007-12-30 21:50:09 | 显示全部楼层 |阅读模式

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经过几天的试验和努力,同时得到鸟哥的指点,终于装好了这个东西。为了不至于马上忘记,赶紧将如何安装记录下来,让更多的人掌握这个技术文档。同时在此非常感谢鸟哥(vbird)。
我们的平台:
AMD4000+
MPI1.4.7
PGI
1、到 https://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=23725 下载 atlas3.6.0.tar.gz 文档
2、到 http://www.netlib.org/benchmark/hpl/index.html 下载 hpl.tgz 文档
3、在普通用户下用命令 tar -zxvf **将两个文件解压,就会看见ATLAS和hpl两个文件夹。
4、现安装atlas,进入ATLAS,用make config CC=/usr/mpich/bin/mpicc(CC所等的是编译器地址,各台机器不尽相同,我试了gcc好像不行),然后会出一些选择,一般默认即可,注意architecture这里的多少位的选择,一般先在新出的大多为64位的。我的是64位,architecture用默认的Linux_HAMMER64SSE2_2。
5、然后就对Make..Linux_HAMMER64SSE2_2作一定的修改,主要是对编译器路径的修改,见附件。
6、修改好以后,make install arch=Linux_HAMMER64SSE2_2,一般就会成功。如果失败,建议删除整个ATLAS,再从头来,每一步都要更仔细就好,多试几下是有好处的。

附录:
#  -----------------------------
#  Make.ARCH for ATLAS3.6.0
#  -----------------------------
#  ----------------------------------
#  Make sure we get the correct shell
#  ----------------------------------
   SHELL = /bin/sh
#  -------------------------------------------------
#  Name indicating the platform to configure BLAS to
#  -------------------------------------------------
   ARCH = Linux_HAMMER64SSE2_2
#  -------------------
#  Various directories
#  -------------------
   TOPdir = /home/tfbao/ATLAS
   INCdir = $(TOPdir)/include/$(ARCH)
   SYSdir = $(TOPdir)/tune/sysinfo/$(ARCH)
   GMMdir = $(TOPdir)/src/blas/gemm/$(ARCH)
   UMMdir = $(GMMdir)
   GMVdir = $(TOPdir)/src/blas/gemv/$(ARCH)
   GR1dir = $(TOPdir)/src/blas/ger/$(ARCH)
   L1Bdir = $(TOPdir)/src/blas/level1/$(ARCH)
   L2Bdir = $(TOPdir)/src/blas/level2/$(ARCH)
   L3Bdir = $(TOPdir)/src/blas/level3/$(ARCH)
   TSTdir = $(TOPdir)/src/testing/$(ARCH)
   AUXdir = $(TOPdir)/src/auxil/$(ARCH)
   CBLdir = $(TOPdir)/interfaces/blas/C/src/$(ARCH)
   FBLdir = $(TOPdir)/interfaces/blas/F77/src/$(ARCH)
   BINdir = $(TOPdir)/bin/$(ARCH)
   LIBdir = $(TOPdir)/lib/$(ARCH)
   PTSdir = $(TOPdir)/src/pthreads
   MMTdir = $(TOPdir)/tune/blas/gemm/$(ARCH)
   MVTdir = $(TOPdir)/tune/blas/gemv/$(ARCH)
   R1Tdir = $(TOPdir)/tune/blas/ger/$(ARCH)
   L1Tdir = $(TOPdir)/tune/blas/level1/$(ARCH)
   L3Tdir = $(TOPdir)/tune/blas/level3/$(ARCH)
#  ---------------------------------------------------------------------
#  Name and location of scripts for running executables during tuning
#  ---------------------------------------------------------------------
   ATLRUN = $(BINdir)/ATLrun.sh
   ATLFWAIT = $(BINdir)/xatlas_waitfile
#  ---------------------
#  Libraries to be built
#  ---------------------
   ATLASlib = $(LIBdir)/libatlas.a
   CBLASlib = $(LIBdir)/libcblas.a
   F77BLASlib = $(LIBdir)/libf77blas.a
   PTCBLASlib = $(LIBdir)/libptcblas.a
   PTF77BLASlib = $(LIBdir)/libptf77blas.a
   LAPACKlib = $(LIBdir)/liblapack.a
   TESTlib = $(LIBdir)/libtstatlas.a
#  -------------------------------------------
#  Upper bound on largest cache size, in bytes
#  -------------------------------------------
   L2SIZE = -DL2SIZE=1048576
#  ---------------------------------------
#  Command setting up correct include path
#  ---------------------------------------
   INCLUDES = -I$(TOPdir)/include -I$(TOPdir)/include/$(ARCH) \
              -I$(TOPdir)/include/contrib
#  -------------------------------------------
#  Defines for setting up F77/C interoperation
#  -------------------------------------------
   F2CDEFS = -DAdd__ -DStringSunStyle
#  --------------------------------------
#  Special defines for user-supplied GEMM
#  --------------------------------------
   UMMDEFS =
#  ------------------------------
#  Architecture identifying flags
#  ------------------------------
   ARCHDEFS = -DATL_OS_Linux -DATL_ARCH_HAMMER64 -DATL_SSE2 -DATL_SSE1 -DATL_GAS_x8664 -m64
#  -------------------------------------------------------------------
#  NM is the flag required to name a compiled object/executable
#  OJ is the flag required to compile to object rather than executable
#  These flags are used by all compilers.
#  -------------------------------------------------------------------
   NM = -o
   OJ = -c

#  ---------------------------------------------------------------------------
#  Fortran 77 compiler and the flags to use.  Presently, ATLAS does not itself
#  use any Fortran 77, but vendor BLAS are typically written for Fortran, so
#  any links that include non-ATLAS BLAS will use FLINKER instead of CLINKER
#  ---------------------------------------------------------------------------
   F77 = /usr/mpich/bin/mpif77
   F77FLAGS = -fomit-frame-pointer -O -m64
   FLINKER = $(F77)
   FLINKFLAGS = $(F77FLAGS)
   FCLINKFLAGS = $(FLINKFLAGS)

#  ---------------------------------------------------------------------------
#  Various C compilers, and the linker to be used when we are not linking in
#  non-ATLAS BLAS (which usually necessitate using the Fortran linker).
#  The C compilers recognized by ATLAS are:
#     CC :  Compiler to use to compile regular, non-generated code
#    MCC :  Compiler to use to compile generated, highly-optimized code
#    XCC :  Compiler to be used on the compile engine of a cross-compiler
#  These will typically all be the same.  An example of where this is not
#  the case would be DEC ALPHA 21164, where you want to use gcc for MCC,
#  because DEC';s cc does not allow the programmer access to all 32 floating
#  point registers.  However, on normal C code, DEC';s cc produces much faster
#  code than gcc, so you CC set to cc.  Of course, any system where you are
#  cross-compiling, you will need to set XCC differently than CC & MCC.
#  ---------------------------------------------------------------------------
   CDEFS = $(L2SIZE) $(INCLUDES) $(F2CDEFS) $(ARCHDEFS) -DATL_NCPU=2
   GCCdir = /usr/bin
   GOODGCC = /usr/mpich/bin/mpicc
   CC = /usr/mpich/bin/mpicc
   CCFLAG0 = -fomit-frame-pointer -O -mfpmath=387 -m64
   CCFLAGS = $(CDEFS) $(CCFLAG0)
   MCC = /usr/mpich/bin/mpicc
   MMFLAGS = -fomit-frame-pointer -O -mfpmath=387 -m64
   XCC = /usr/mpich/bin/mpicc
   XCCFLAGS = $(CDEFS) -fomit-frame-pointer -O -mfpmath=387 -m64
   CLINKER = $(CC)
   CLINKFLAGS = $(CCFLAGS)
   BC = $(CC)
   BCFLAGS = $(CCFLAGS)
   ARCHIVER = ar
   ARFLAGS  = r
   RANLIB   = echo
#  -------------------------------------
#  tar, gzip, gunzip, and parallel make
#  -------------------------------------
   TAR    = /bin/tar
   GZIP   = /bin/gzip
   GUNZIP = /bin/gunzip
   PMAKE  = $(MAKE) -j 2
#  ------------------------------------
#  Reference and system libraries
#  ------------------------------------
   BLASlib =
   FBLASlib =
   FLAPACKlib =
   LIBS = -lpthread -lm
#  ----------------------------------------------------------
#  ATLAS install resources (include arch default directories)
#  ----------------------------------------------------------
   ARCHDEF = $(TOPdir)/CONFIG/ARCHS/HAMMER64SSE2/gcc/misc
   MMDEF = $(TOPdir)/CONFIG/ARCHS/HAMMER64SSE2/gcc/gemm
   INSTFLAGS =
#  ---------------------------------------
#  Generic targets needed by all makefiles
#  ---------------------------------------
waitfile:
前面说了atlas之安装,现在紧接着hpl之安装,这里基本没什么好说的,
1、按照鸟哥的说法,“If you use the ';atlas'; library, I think you should use this file ';Make.Linux_ATHLON_CBLAS';”,我们将hpl/setup/下的文件Make.Linux_ATHLON_CBLAS 复制到hpl/ 下
2、然后对Makefile和Make.Linux_ATHLON_CBLAS几处作修改,一个是Makefile里将arch的值改为';arch             = Linux_ATHLON_CBLAS';,而对Make.Linux_ATHLON_CBLAS的修改较多,详情见附件。
3、make即可完成安装
4、如果安装成功,那么在hpl/bin/Linux_HAMMER64SSE2_2下就会看见HPL.dat 和xhpl两个文件,前者是数据设置,后者是执行文件。如果不成功,反复研究你的设置,再试几次就可能会好得。不过说实话,我也很碰运气而以,就我重新装,不一定马上能装好。
  至于测试的具体方法,我也不知道,有时间的话后面会给出一些,或者干脆转载一些,不过我实在不乐意转载别人的文章,说实话大多数没有经过测试,转来转去没有一点用,这里保证我们的技术文章都是经过测试的,这样实用价值更大一些。
附件1:
#  
#  -- High Performance Computing Linpack Benchmark (HPL)               
#     HPL - 1.0a - January 20, 2004                          
#     Antoine P. Petitet                                                
#     University of Tennessee, Knoxville                                
#     Innovative Computing Laboratories                                 
#     (C) Copyright 2000-2004 All Rights Reserved                       
#                                                                       
#  -- Copyright notice and Licensing terms:                             
#                                                                       
#  Redistribution  and  use in  source and binary forms, with or without
#  modification, are  permitted provided  that the following  conditions
#  are met:                                                            
#                                                                       
#  1. Redistributions  of  source  code  must retain the above copyright
#  notice, this list of conditions and the following disclaimer.        
#                                                                       
#  2. Redistributions in binary form must reproduce  the above copyright
#  notice, this list of conditions,  and the following disclaimer in the
#  documentation and/or other materials provided with the distribution.
#                                                                       
#  3. All  advertising  materials  mentioning  features  or  use of this
#  software must display the following acknowledgement:                 
#  This  product  includes  software  developed  at  the  University  of
#  Tennessee, Knoxville, Innovative Computing Laboratories.            
#                                                                       
#  4. The name of the  University,  the name of the  Laboratory,  or the
#  names  of  its  contributors  may  not  be used to endorse or promote
#  products  derived   from   this  software  without  specific  written
#  permission.                                                         
#                                                                       
#  -- Disclaimer:                                                      
#                                                                       
#  THIS  SOFTWARE  IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
#  ``AS IS';'; AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES,  INCLUDING,  BUT NOT
#  LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
#  A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE UNIVERSITY
#  OR  CONTRIBUTORS  BE  LIABLE FOR ANY  DIRECT,  INDIRECT,  INCIDENTAL,
#  SPECIAL,  EXEMPLARY,  OR  CONSEQUENTIAL DAMAGES  (INCLUDING,  BUT NOT
#  LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
#  DATA OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION)  HOWEVER CAUSED AND ON ANY
#  THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT,  STRICT LIABILITY,  OR TORT
#  (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
#  OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
# ######################################################################
#  
#
SHELL            = /bin/sh
#
arch             = Linux_ATHLON_CBLAS
#
## Targets #############################################################
#
all              : install
#
# ######################################################################
#
install          : startup refresh build
#
startup          :
$(MAKE) -f Make.top startup_dir     arch=$(arch)
$(MAKE) -f Make.top startup_src     arch=$(arch)
$(MAKE) -f Make.top startup_tst     arch=$(arch)
$(MAKE) -f Make.top refresh_src     arch=$(arch)
$(MAKE) -f Make.top refresh_tst     arch=$(arch)
#
refresh          :
$(MAKE) -f Make.top refresh_src     arch=$(arch)
$(MAKE) -f Make.top refresh_tst     arch=$(arch)
#
build            :
$(MAKE) -f Make.top build_src       arch=$(arch)
$(MAKE) -f Make.top build_tst       arch=$(arch)
#
clean            :
$(MAKE) -f Make.top clean_src       arch=$(arch)
$(MAKE) -f Make.top clean_tst       arch=$(arch)
#
clean_arch       :
$(MAKE) -f Make.top clean_arch_src  arch=$(arch)
$(MAKE) -f Make.top clean_arch_tst  arch=$(arch)
#
clean_arch_all   :
$(MAKE) -f Make.top clean_arch_all  arch=$(arch)
#
clean_guard      :
$(MAKE) -f Make.top clean_guard_src arch=$(arch)
$(MAKE) -f Make.top clean_guard_tst arch=$(arch)
#
# ######################################################################
附件2:#  
#  -- High Performance Computing Linpack Benchmark (HPL)               
#     HPL - 1.0a - January 20, 2004                          
#     Antoine P. Petitet                                                
#     University of Tennessee, Knoxville                                
#     Innovative Computing Laboratories                                 
#     (C) Copyright 2000-2004 All Rights Reserved                       
#                                                                       
#  -- Copyright notice and Licensing terms:                             
#                                                                       
#  Redistribution  and  use in  source and binary forms, with or without
#  modification, are  permitted provided  that the following  conditions
#  are met:                                                            
#                                                                       
#  1. Redistributions  of  source  code  must retain the above copyright
#  notice, this list of conditions and the following disclaimer.        
#                                                                       
#  2. Redistributions in binary form must reproduce  the above copyright
#  notice, this list of conditions,  and the following disclaimer in the
#  documentation and/or other materials provided with the distribution.
#                                                                       
#  3. All  advertising  materials  mentioning  features  or  use of this
#  software must display the following acknowledgement:                 
#  This  product  includes  software  developed  at  the  University  of
#  Tennessee, Knoxville, Innovative Computing Laboratories.            
#                                                                       
#  4. The name of the  University,  the name of the  Laboratory,  or the
#  names  of  its  contributors  may  not  be used to endorse or promote
#  products  derived   from   this  software  without  specific  written
#  permission.                                                         
#                                                                       
#  -- Disclaimer:                                                      
#                                                                       
#  THIS  SOFTWARE  IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
#  ``AS IS';'; AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES,  INCLUDING,  BUT NOT
#  LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
#  A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE UNIVERSITY
#  OR  CONTRIBUTORS  BE  LIABLE FOR ANY  DIRECT,  INDIRECT,  INCIDENTAL,
#  SPECIAL,  EXEMPLARY,  OR  CONSEQUENTIAL DAMAGES  (INCLUDING,  BUT NOT
#  LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
#  DATA OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION)  HOWEVER CAUSED AND ON ANY
#  THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT,  STRICT LIABILITY,  OR TORT
#  (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
#  OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
# ######################################################################
#  
# ----------------------------------------------------------------------
# - shell --------------------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------------
#
SHELL        = /bin/sh
#
CD           = cd
CP           = cp
LN_S         = ln -s
MKDIR        = mkdir
RM           = /bin/rm -f
TOUCH        = touch
#
# ----------------------------------------------------------------------
# - Platform identifier ------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------------
#
ARCH         = Linux_ATHLON_CBLAS
#
# ----------------------------------------------------------------------
# - HPL Directory Structure / HPL library ------------------------------
# ----------------------------------------------------------------------
#
TOPdir       = /home/tfbao/hpl
INCdir       = $(TOPdir)/include
BINdir       = $(TOPdir)/bin/$(ARCH)
LIBdir       = $(TOPdir)/lib/$(ARCH)
#
HPLlib       = $(LIBdir)/libhpl.a
#
# ----------------------------------------------------------------------
# - MPI directories - library ------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------------
# MPinc tells the  C  compiler where to find the Message Passing library
# header files,  MPlib  is defined  to be the name of  the library to be
# used. The variable MPdir is only used for defining MPinc and MPlib.
#
MPdir        = /usr/mpich
MPinc        = -I$(MPdir)/include
MPlib        = $(MPdir)/lib/libmpich.a
#
# ----------------------------------------------------------------------
# - Linear Algebra library (BLAS or VSIPL) -----------------------------
# ----------------------------------------------------------------------
# LAinc tells the  C  compiler where to find the Linear Algebra  library
# header files,  LAlib  is defined  to be the name of  the library to be
# used. The variable LAdir is only used for defining LAinc and LAlib.
#
LAdir        = $(HOME)/ATLAS/lib/Linux_HAMMER64SSE2_2
LAinc        =
LAlib        = $(LAdir)/libcblas.a $(LAdir)/libatlas.a
#
# ----------------------------------------------------------------------
# - F77 / C interface --------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------------------------
# You can skip this section  if and only if  you are not planning to use
# a  BLAS  library featuring a Fortran 77 interface.  Otherwise,  it  is
# necessary  to  fill out the  F2CDEFS  variable  with  the  appropriate
# options.  **One and only one**  option should be chosen in **each** of
# the 3 following categories:
#
# 1) name space (How C calls a Fortran 77 routine)
#
# -DAdd_              : all lower case and a suffixed underscore  (Suns,
#                       Intel, ...),                           [default]
# -DNoChange          : all lower case (IBM RS6000),
# -DUpCase            : all upper case (Cray),
# -DAdd__             : the FORTRAN compiler in use is f2c.
#
# 2) C and Fortran 77 integer mapping
#
# -DF77_INTEGER=int   : Fortran 77 INTEGER is a C int,         [default]
# -DF77_INTEGER=long  : Fortran 77 INTEGER is a C long,
# -DF77_INTEGER=short : Fortran 77 INTEGER is a C short.
#
# 3) Fortran 77 string handling
#
# -DStringSunStyle    : The string address is passed at the string loca-
#                       tion on the stack, and the string length is then
#                       passed as  an  F77_INTEGER  after  all  explicit
#                       stack arguments,                       [default]
# -DStringStructPtr   : The address  of  a  structure  is  passed  by  a
#                       Fortran 77  string,  and the structure is of the
#                       form: struct {char *cp; F77_INTEGER len;},
# -DStringStructVal   : A structure is passed by value for each  Fortran
#                       77 string,  and  the  structure is  of the form:
#                       struct {char *cp; F77_INTEGER len;},
# -DStringCrayStyle   : Special option for  Cray  machines,  which  uses
#                       Cray  fcd  (fortran  character  descriptor)  for
#                       interoperation.
#
F2CDEFS      =
#
# ----------------------------------------------------------------------
# - HPL includes / libraries / specifics -------------------------------
# ----------------------------------------------------------------------
#
HPL_INCLUDES = -I$(INCdir) -I$(INCdir)/$(ARCH) $(LAinc) $(MPinc)
HPL_LIBS     = $(HPLlib) $(LAlib) $(MPlib)
#
# - Compile time options -----------------------------------------------
#
# -DHPL_COPY_L           force the copy of the panel L before bcast;
# -DHPL_CALL_CBLAS       call the cblas interface;
# -DHPL_CALL_VSIPL       call the vsip  library;
# -DHPL_DETAILED_TIMING  enable detailed timers;
#
# By default HPL will:
#    *) not copy L before broadcast,
#    *) call the Fortran 77 BLAS interface
#    *) not display detailed timing information.
#
HPL_OPTS     = -DHPL_CALL_CBLAS
#
# ----------------------------------------------------------------------
#
HPL_DEFS     = $(F2CDEFS) $(HPL_OPTS) $(HPL_INCLUDES)
#
# ----------------------------------------------------------------------
# - Compilers / linkers - Optimization flags ---------------------------
# ----------------------------------------------------------------------
#
CC           = /usr/mpich/bin/mpicc
CCNOOPT      = $(HPL_DEFS)
CCFLAGS      = $(HPL_DEFS) -fomit-frame-pointer -O3 -funroll-loops -W -Wall
#
LINKER       = /usr/mpich/bin/mpicc
LINKFLAGS    = $(CCFLAGS)
#
ARCHIVER     = ar
ARFLAGS      = r
RANLIB       = echo
#
# ----------------------------------------------------------------------
  
 楼主| 发表于 2007-12-30 21:56:16 | 显示全部楼层

(原创)atlas+hpl测试之安装

前面看见人发了个文档,我把我以前写的文章抄过来,一般照着做就可以,也可参考博客
http://onetfbao.spaces.live.com
应该是2007年6月份的文档了
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